Chiến tranh kết thúc, tuy một số quan lại, tướng lĩnh nhà Nguyễn cùng một số sĩ phu yêu nước còn nổi dậy chống lại người Pháp, nhưng đến cuối thế kỷ 19, các lực lượng này cơ bản bị trấn áp. Cuộc chiến chống Pháp xâm lược của người Việt hoàn toàn thất bại. Nước Đại Nam sau gần 460 năm giành lại độc lập (tính từ khi khởi nghĩa Lam Sơn thành công) lại bị mất nước, rơi vào tay nước ngoài đô hộ.

Sau các Hòa ước Harmand và Patrenôtre, nhà Nguyễn chỉ còn cai quản Trung Kỳ với chế độ bảo hộ, không có quân đội, không tài chính, không ngoại giao[110]. Vua nhà Nguyễn chỉ lo việc cúng tế, nhóm họp dưới quyền chỉ huy của viên Khâm sứ người Pháp không mang triều phục.

Về hình thức, bộ máy triều đình Huế không thay đổi (vẫn có vua, Cơ mật viện, các Thượng thư...) nhưng về bản chất đã hoàn toàn thay đổi. Tuy không bị người Pháp xóa sổ, nhưng đây chỉ còn là triều đình trên danh nghĩa, không có quyền hành, từ vua Nguyễn trở xuống chỉ còn là những viên chức thừa lệnh của Pháp. Thỉnh thoảng họ được mở hội nghị Cơ mật viện hoặc Hội đồng thượng thư do Khâm sứ Trung kỳ của Pháp chủ tọa, chỉ để làm nhiệm vụ tư vấn lấy lệ. Do không có quân đội, Binh Bộ trong triều đình này đã bị bãi bỏ[110].

Người Pháp mở rộng lãnh thổ thuộc địa tại bán đảo Đông Dương sau khi đã xâm chiếm Campuchia (1863). Sau khi chiếm Đại Nam không lâu, Pháp chính thức thôn tính Lào (1893), áp đặt sự thống trị trên toàn bộ Đông Dương.[111]